Sepanjang pelbagai potongan babak, kisah ini diceritakan oleh Albert Genette, seorang wartawan yang ditugaskan untuk membuat liputan berkaitan konflik. Ini adalah wartawan yang sama yang melaporkan tentang konflik Osea-Yuktobania Ace Combat 5: The Unsung War.

Pada 2020, setelah bertahun-tahun mengalami perang saudara dan penetangan dalaman, Republik Demokratik Leasath, di bawah perintah Diego Gaspar Navarro menyerang negara jirannya yang aman, Republik Persekutuan Aurelia. Oleh kerana jasa Gleipnir Flying Fortress mereka, Leasath berjaya menakluk sebahagian besar Aurelia dalam masa sepuluh hari. Sisa kumpulan tentera Aurelia bersama di Cape Aubrey Airbase (Pangkalan Udara Cape Aubrey) dan berjaya mencapai kemenangan pirhik: mereka memusnahkan pasukan pengebom Leasath, tetapi Gleipnir pada gilirannya menghapus sebahagian besar pesawat Aurelia yang dikerahkan. Di antara yang terselamat dari serangan Gleipnir adalah juruterbang ace Gryphus One (Gryphus Satu), yang bertanda The Southern Cross (Salib Selatan). Setelah pertempuran di Cape Aubrey, Gryphus One mempelopori serangan untuk merampas kembali Port Patterson, pangkalan bekalan kritikal dan kawasan pendaratan untuk pasukan Leasath. Gryphus One membezakan dirinya dengan melakukan kerosakan besar pada pasukan tentera udara, laut dan darat musuh.

Selepas pembebasan Port Patterson, tentera Aurelia berangkat untuk membebaskan bandar Santa Elva dan menghancurkan Gleipnir. Bergantung pada pilihan pemain, sama ada tentera laut Aurelia atau pasukan darat melibatkan Gleipnir. Gryphus One menembak jatuh Gleipnir atas Santa Elva, mendapat julukanNemesis di kalangan anggota tentera Leasath. Tentera Leasath yang kehilangan semangat segara berundur ke arah Griswall, ibu kota Aurelia yang diduduki di mana tentera Leasath telah membentuk cincin pertahanan dengan Meson Cannon (Meriam Meson) yang mampu menembakkan sinaran zarah. Pemain mempunyai dua pilihan pada tahap strategik: Salah satunya adalah dengan menghancurkan unit Skylla musuh secara mengejut dan menghadapi Meson Cannon (pada potensi penuh atau separuh) di Griswall. Yang lain adalah menyelinap di bawah liputan radar musuh, menghancurkan komponen Meson Cannon mereka dan sebaliknya memerangi unit musuh di luar perisai Griswall. Namun, pada saat Griswall dibebaskan, Navarro telah melarikan diri, tetapi arah tuju peperangan tidak dapat lagi diubah.

Albert Genette dan perisik Aurelia mengetahui motif sebenar perang berkenaan: Jeneral Navarro dinyatakan bukan hanya berkhidmat sebagai pegawai pemerintah Leasath, tetapi juga mengendalikan industri senjata negara itu. Sebelum perang, Navarro mencuri bantuan asing yang dikirimkan oleh Aurelia ke Leasath, dan berjuta-juta perjanjian senjata selama perang untuk membiayai pembangunan Fenrir, sebuah pesawat tempur pelbagai peranan prototaip canggih generasi berikutnya V/STOL, sambil dengan serentak mendakwa kepada penduduk Leasath yang Aurelia mengeksploitasi mereka, menjadikan pendapat umum menentang Aurelia. Berikutan pengusiran Leasath dari Aurelia, Navarro meneruskan pengeluaran di Fort Archelon di sekumpulan pulau berdekatan persisiran Leasath. Di hadapan menuju benteng Archelon, pemain mempunyai pilihan sama ada untuk menghalang juruterbang elit musuh atau muatan senjata gelombang mikro berkuasa tinggi untuk mencapai benteng. Bergantung pada pilihan pemain, pengepungan Benteng Archelon dapat mengakhiri dua cara: Sama ada tentera Aurelia menghancurkan kubu sementara Gryphus One menghancurkan prototaip Fenrir terakhir, atau Gryphus One menghancurkan meriam kejutan yang dipasang di atas kubu yang mengakibatkan kehancurannya. Dengan dunia yang menyaksikan Pertempuran di Archelon, dan penerbitan oleh Genette yang memperlihatkan sifat perang yang sebenarnya, warga Leasath, marah dengan penipuan Navarro, membunuhnya dalam serbuan beramai-ramai, atau dia melarikan diri dari negara itu sebelum mereka tiba. Tidak lama kemudian, perang berakhir secara rasmi.